Nočný vlak do Lisabonu je filozofický román o samotárskom profesorovi klasických jazykov Raimundovi Gregoriovi, ktorý v jeden daždivý deň stretne na moste tajuplnú Portugalku. O čosi neskôr nájde v antikvariáte fascinujúce zápisky portugalského lekára a filozofa, ktoré nedokáže prestať čítať. Vďaka týmto dvom okamihom Gregorius urobí niečo celkom neočakávané a nezvyčajné – rozhodne sa zmeniť svoj život a vyberie sa na dlhú dobrodružnú cestu nočným vlakom do Lisabonu, kde pátra po stopách lekára Amadea de Prada, ktorého jediné dielo vzniklo za čias Salazarovej diktatúry. Pátranie ho privádza k ľuďom, ktorí lekára dôverne poznali a Gregorius postupne ako mozaiku skladá obraz výnimočného človeka.
Zároveň je cesta do Lisabonu aj Gregoriovou cestou do jeho vlastného vnútra. Pascal Mercier ostáva aj v tomto románe verný témam, ktoré ho zaujímajú aj ako filozofa – dôstojnosť, sloboda vôle a možnosť spoznávania samého seba a ostatných, ako aj otázka, kde hranice takéhoto spoznávania ležia.