V novovekých dejinách Uhorska zohrala historická Trnavská univerzita jezuitského typu dôležitú úlohu. Bola to najvýznamnejšia vysoká škola v Uhorsku a po stredovekej Univerzite Istropolitane v Bratislave druhá univerzita, ktorá vznikla na území dnešného Slovenska. Pre Trnavu znamenala okrem logického ekonomického prínosu i výrazné povznesenie a Matej Bel ju označil dokonca za perlu mesta. Prítomnosťou a činnosťou Trnavskej univerzity v rokoch 1635 – 1777 mesto nabralo druhý dych, stalo sa z neho náboženské a kultúrne centrum. Skoro poldruha storočia ovplyvňovala univerzita nielen atmosféru Trnavy, ale dokázala povzniesť vzdelanosť slovenského národa a byť 142 rokov centrom intelektuálnych hnutí. Okrem duchovného dedičstva je cennou pamiatkou na jej existenciu aj areál univerzitných budov s Kostolom sv. Jána Krstiteľa.
Univerzitný komplex tvoria budovy uzavretého areálu bývalého jezuitského kolégia, gymnázia, filozofickej, teologickej a právnickej fakulty vrátane tlačiarne a lekárne s univerzitným Kostolom sv. Jána Krstiteľa. Spolu s budovou lekárskej fakulty sú situované na Univerzitnom námestí, ktoré sa v novoveku nazývalo Akademickým námestím. Na východnej strane Ulice Jána Hollého, predtým Ulice sv. Jána Krstiteľa, sú situované budovy bývalých seminárov a konviktov, ktoré sú známe pod nasledovnými názvami: Adalbertinum, Rubrorum, Marianum, šľachtický konvikt a na Halenárskej ulici Stefaneum. V týchto budovách, ktoré sú súčasťou univerzitného komplexu, sídlili bohoslovecké semináre na výchovu budúcich kňazov a konvikty určené na výchovu šľachtických chovancov. Adalbertinum bolo sídlom Konviktu sv. Vojtecha/Adalberta (Convictus sancti Adalberti) pre chudobných študentov. Rubrorum má pomenovanie odvodené od Seminára červených klerikov (Seminarium rubrorum clericorum) podľa farby červeného odevu chovancov, tiež nazývaného Generálnym seminárom Uhorska, lebo vychovával kňazov pre všetky uhorské diecézy (Generale cleri Hungariae collegium). Marianum je budova bývalého Seminára Panny Márie nazývaného aj podľa zakladateľa Juraja Selepčéniho (Seminarium Mariano-Szelepcsenianum). Šľachtický konvikt (Convictus nobilium) slúžil na výchovu a ubytovanie študentov z radov uhorskej aristokracie. Seminár sv. Štefana (Seminariun sancti Stephani) pomenoval na počesť sv. Štefana kráľa Peter Pázmaň, keď obnovil činnosť seminára založeného Mikulášom Oláhom. Sídlil postupne na viacerých miestach, až napokon postavili budovu na Halenárskej ulici, tzv. Stefaneum. Všetky uvedené stavby tvoria univerzitný komplex, na Slovensku ojedinelý súbor historických školských budov, v architektúre zastúpený od raného baroka prvej tretiny 17. storočia po barokový klasicizmus konca 18. storočia.
