Nakladatel Josef Paseka, literární postava z Krvavého románu výtvarníka a spisovatele Josefa Váchala, inspiroval v roce 1989 Ladislava Horáčka nikoliv k založení podniku zaměřeného na vydávání „obluzenin národa českého“, ale k pojmenování jednoho z prvních soukromých nakladatelství po listopadové revoluci. Na Krvavý román, který se stal první knihou z produkce Paseky, navázalo postupem času mnoho dalších Váchalových děl, včetně Šumavy umírající a romantické, co do rozměrů druhé největší české knihy všech dob.

V devadesátých letech 20. století se v edičním profilu Paseky etablovala především historická literatura. Nejambicióznějším projektem z této oblasti je dodnes edice Velké dějiny zemí Koruny české, historicky první vydání kompletních dějin českých zemí od počátků po rok 1945. Celá řada renomovaných historiků, kteří se autorsky podíleli na „Velkých dějinách“, publikovala v Pasece i další knihy věnované nejrůznějším tématům a osobnostem českých i světových dějin.

Od svého založení až do současnosti vydává nakladatelství i prózy úspěšného českého spisovatele Petra Šabacha. Velký ohlas zaznamenaly také knihy Květy Legátové Želary a Jozova Hanule, jež dosáhly velkého úspěchu i v zahraničí. Mezi kmenové autory patří rovněž básník Pavel Šrut, který mimo jiné napsal a společně s výtvarnicí Galinou Miklínovou v Pasece publikoval oblíbené dětské knihy o Lichožroutech (ocenění Magnesia Litera – kniha desetiletí). Významným počinem nakladatelství je nové, doplněné vydání spisů básníka Vladimíra Holana.

V současné době nabízí Paseka široké spektrum knih různých žánrů. V oblasti překladové literatury pokračuje v projektu souborného vydání díla Vladimira Nabokova, dlouhodobě se věnuje řadě předních světových prozaiků (Alice Munroová, Amos Oz, Salman Rushdie, Roberto Saviano, W. G. Sebald, Steve Sem-Sandberg, Ljudmila Ulická, John Updike aj.) a v posledních letech představuje rovněž řadu nových současných autorů zejména evropských literatur.

Důležitou součást produkce nakladatelství tvoří knihy z oblasti překladové non-fiction. Výrazný ohlas v této sféře v poslední době zaznamenaly knihy amerického akademika a investičního poradce Nassima Nicholase Taleba (Černá labuť, Zrádná nahodilost), k nejúspěšnějším popularizátorům exaktních věd patří již tradičně Brian Greene a John D. Barrow.

Nakladatelství Paseka patří dnes v ČR mezi středně velké nakladatelské domy. Vydává kolem sedmdesáti nových překladových i původních českých titulů ročně, pořádá výstavy a autorská čtení. Do roku 2016 také provozovalo litomyšlské Portmoneum, které je teď majetkem Pardubického kraje. Mnoho knih a autorů Paseky bylo oceněno domácími i zahraničními cenami. I přes výraznou proměnu nakladatelského profilu a rozšíření celkového edičního záběru na současnou českou i překladovou prózu, dětské knihy, kvalitní publicistiku a další žánry zůstává Paseka věrná svým „váchalovským“ základům.